Terwijl de stadskerk van St. Marien in de 13e eeuw werd gebouwd, ontstond er tegelijkertijd een tweede kerkelijk centrum: het franciscanenklooster. Dit omvatte een eenvoudige kloosterkerk van veldstenen, die aan het begin van de 14e eeuw werd uitgebreid - de huidige Sint-Janskerk. Na de verwoesting van de St Mary's kerk in 1945 werd de St John's kerk de hoofdkerk. Het kreeg zijn huidige status door twee grote bouwfasen in de 19e en 20e eeuw.
Tegenwoordig is de Johanneskerk in Neubrandenburg erg populair bij liefhebbers van orgel- en koorconcerten. De kerk werd gebouwd als een veldsteenkerk van een franciscaner klooster rond 1250/60. Na twee branden voor 1355 werd de kerk uitgebreid met baksteen met twee schepen en kruisgewelven. In de 14e eeuw werd een veelhoekig lang koor aan de oostkant toegevoegd. Na de reformatie diende de koorruimte, afgescheiden door een muur, als opslagruimte. In het midden van de 19e eeuw stortte het in. De kerk werd verbouwd tussen 1891 en 1894. Het gewelf werd bijvoorbeeld vernieuwd en geschilderd in neogotische stijl. Na de verwoesting van de St Mary's kerk in 1945 werd de St John's kerk de hoofdkerk. Deze werd tussen 1976 en 1980 gerestaureerd en opnieuw verbouwd. Sinds 2008 zijn er weer uitgebreide renovatiewerkzaamheden uitgevoerd. Elke woensdag van juni tot september kunnen bezoekers om 12.00 uur gedurende 20 minuten naar de orgelmuziek luisteren.
