St. Katharinen gehört zu den wenigen Klöstern Norddeutschlands, deren gotische Substanz fast vollständig erhalten geblieben ist. Es wurde im Jahre 1251 von Dominikanern gegründet.
Stifter des Klosters war Fürst Jaromar II. von Rügen. Im Ursprung war dieser Backsteinbau eine 73 Meter lange, dreischiffige Hallenkirche. Eine architektonische Besonderheit ist der Kapitelsaal mit seinem wunderschönen Kreuzrippengewölbe, getragen von acht schlanken Pfeilern mit Gewölbemalereien aus dem 15. Jahrhundert. Er zählt zu den schönsten Innenräumen der niederdeutschen Backsteingotik. Mit der Reformation gelangte das Katharinenkloster in den Besitz der Stadt. 1560 zogen Schüler und Lehrer des damals gegründeten Gymnasiums in den westlichen Teil. Die humanistische Bildungsstätte hatte hier bis 1945 ihr Domizil. Der östliche Klosterteil war bis 1919 städtisches Waisenhaus. Im Laufe der Jahrhunderte wurden zahlreiche Umbauten vorgenommen, geblieben ist jedoch der architektonische Reiz der verschiedenen Räumlichkeiten. Nach umfangreichen Restaurationsarbeiten in den Jahren 1921 bis 1924 wurde es Heimstatt des Provinzialmuseums für Neuvorpommern und Rügen. Mit seinen mehr als 50 Räumen beherbergt das Katharinenkloster seit 1924 das Kulturhistorische Museum (Umbenennung in Stralsund Museum) und seit 1951 das Deutsche Meeresmuseum und Aquarium.1973 wurde eine freitragende Konstruktion in die Hallenkirche eingebaut, die dem Deutschen Meeresmuseum eine intensive Nutzung des Klosters als Ausstellungsfläche gestattet. Von 2020 bis 2025/26 erfolgte eine Sanierung beider Museumsbereiche, mit einer umfangreichen Bauforschung und restauratorischen Freilegungen.
