Die Mühlenstraße ist eine Stadtstraße in der Stralsunder Altstadt. Sie verbindet den Alten Markt mit der Heilgeiststraße.
Die Mühlenstraße erhielt ihren endgültigen Namen erst im Jahr 1869. Dieser kommt von einer Wassermühle, welche sich in der Nähe der heutigen Nummern 20 und 21 befand. Davor hieß der Abschnitt, der die Mönchstraße mit dem Alten Markt verbindet, Breitschmiedstraße. Die Straße verbindet nicht nur den Alten Markt mit der Heilgeistraße, sondern auch mit dem Bielkenhagen, der sich in der Nähe des Kniepertores befindet. Die Nummerierung der Häuser stammt aus dem 19. Jahrhundert.